貨物輸送に限って言わせていただきますと、並走路線は作るべきでないと思います。
貨物の需要量と供給量は旅客と違って一定なので、もし二社以上が同区間の輸送に着手すると輸送力不足の場合を除いて一列車当たりの積み込み量が減ってしまいます。
すると一列車辺りの輸送量が減り、利益が減るのみならず「材料→次の材料・製品」の流れが悪くなり、結果的に繋がっている全ての産業輸送網に影響が出てしまうと思われます。
ですから、事前の連絡・協議なしに貨物列車を並走させるのは好ましくないというのが僕の考えです。
とはいえ、ルール上では禁止されているわけではないので、今回のケースなどは当事者同士で話し合って処置を決めるのが最善だと思います。
また、別件になりますが、昨日TaitaFkmさんがアップロードされたセーブファイルを読み込もうとしたところエラーで強制終了してしまいました。
ログと取ってみたところ高架橋のpakが欠けているとの記述がありましたが、新しい種類の高架橋を使われましたか?