プログラムのバグが原因で、セーブゲームが読み込めなくなった場合、残念ながらプレイヤー側でできることは何もないと思います。
一度
ナイトリー版で読み込めるかどうか試してみてはどうでしょうか?
WindowsのGDIでしたら、必須DLLのmgwz.dll、bzip2.dllとその下のzipか7zに含まれているsim-wingdi.exeの3つをsimutransフォルダに入れて、sim-wingdi.exeを実行してください。他のファイルを上書きする必要はありません。
すでにバグが報告されていて、修正されていれば読み込める可能性はあります。
セーブゲームは上書きせずに、ある程度作業したら別名で保存するようにして自衛するしかないと思いますよ。最近のバージョンは安定版といいながら、かなり不安定みたいですね。