通常はダウンロード時もしくはインストール時にどちらかを選べるので控えておいてく ださい。
ちなみにインストーラーで何も設定を変更せずインストールした場合はGDI版が入り ます。
既にダウンロードしてある場合は、simutransのインストールフォルダを確認してみてください。(simutransの実行ファイルのあるフォルダです)
インストーラーからインストールした場合はスタートメニューのsimutransを 右クリックし、プロパティからファイルの場所を開いてください。
フォルダ内にSDL.dllというファイルがある場合はSDL版、ない場合はGDI版です。